証明書インストールについて確認致しましたところ、IEと連動しているようで、IEに証明書インストールを行うと「Edge」に反映されるようです。
マニュアル通りIEで証明書をインストールと設定を頂いた後にEdgeを開いてURLを打ち込んで頂きますと「資格情報が必要です」と表示がされますので「常にアクセスを許可する」にチェックを入れ、「許可」をクリック頂きますと、以降のアクセス時からは問題無いかと思われます。
参考URL:
http://d.hatena.ne.jp/iroiro-memo/20160119/1453387659